経済事業部門には、「購買事業部」と「販売事業本部」があります。

「購買事業部」は、漁師さんに船の燃油や漁で使う道具などを供給する仕事を行っています。
船の燃油を供給する仕事では、“安定的に”供給することで、燃油がなくて漁に出られない、なんてことが起こらないようにしています。

「販売事業本部」は、販売事業部、輸出・直販事業部、販売企画管理室、および販売子会社からなります。
漁師さんから魚を買い取り、JF全漁連の子会社で加工し販売を行ってるほか、プライドフィッシュ（漁師自慢の魚）プロジェクト等による魚の消費拡大、また国産魚の海外での販路拡大等に取り組んでいます。

なお、総務や経理といった管理部門も各事業のサポートをすることで、間接的に漁師さんのために業務を行っているといえます。

また、独立した機構として、各JFや漁連・信漁連の経営状態を監査し、経営健全化に貢献する「JF全国監査機構」もあります。

このように、JF全漁連の仕事はすべて、“漁師さんの生活と経営を守り、より良い地域社会を築くとともに、美しく、豊かな海を次世代に引き継ぐこと”を目的に行っているのです。